เมืองนวัตกรรมอาหารจัดตั้งขึ้นเป็นแห่งแรก ณ อุทยานวิทยาศาสตร์ประเทศไทย จังหวัดปทุมธานี เพื่อสนับสนุนการวิจัย พัฒนาและนวัตกรรมด้านอาหารแบบครบวงจร โดยเป็นการทำงานร่วมกับหน่วยงานเครือข่ายภาครัฐ ภาคเอกชนและมหาวิทยาลัย เพื่อให้เกิดระบบนิเวศน์การวิจัยที่เหมาะสมต่อการทำวิจัย พัฒนาและนวัตกรรม นอกจากนี้เมืองนวัตกรรมอาหารยังให้บริการแบบจุดเดียวเบ็ดเสร็จ (one stop service) เพื่อเพิ่มขีดความสามารถในการแข่งขันให้แก่ผู้ประกอบการในอุตสาหกรรมอาหาร และอุตสาหกรรมที่เกี่ยวข้อง รวมทั้งช่วยให้ผู้ประกอบการสามารถเข้าถึงแหล่งทรัพยากรการวิจัย และบริการต่าง ๆ ของมหาวิทยาลัยและหน่วยงานภาครัฐได้สะดวกรวดเร็วมากยิ่งขึ้นอีกด้วย
เมืองนวัตกรรมอาหารส่วนขยาย มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ได้ร่วมดำเนินการขับเคลื่อนและได้รับงบประมาณสนับสนุนการดำเนินงานจากเมืองนวัตกรรมอาหารส่วนกลาง โดยแผนการดำเนินงานในระยะสั้นนั้น มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงมุ่งเน้นการพัฒนาพื้นที่ Food Maker Space สำหรับการพัฒนาผลิตภัณฑ์ต้นแบบด้าน ชาและกาแฟนอกจากนี้ยังสามารถพัฒนาผลิตภัณฑ์อาหารต้นแบบจากพืชเศรษฐกิจในท้องถิ่นต่างๆ ได้อีกด้วย เพื่อให้ผู้ประกอบการเกิดการพัฒนาต่อยอดธุรกิจของตนเองต่อไปในอนาคต นอกจากนี้แผนการดำเนินงาน ในระยะกลางและระยะยาว มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงมีความสนใจพืชสวนอุตสาหกรรมอื่น ๆ เช่น โกโก้ ซึ่งเป็นพืชเศรษฐกิจที่ทางรัฐบาลและภาคเอกชนกำลังให้ความสนใจ และมุ่งเน้นในการพัฒนาส่งเสริมการสร้างความรู้เพื่อพัฒนาต่อยอดเป็นพืชเศรษฐกิจตัวใหม่ของประเทศไทยต่อไป
โดยเมืองนวัตกรรมอาหารส่วนขยายมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงมีวิสัยทัศน์เป็นผู้นำนวัตกรรมด้านชาและกาแฟของประเทศ รวมถึงการเพิ่มมูลค่าผลิตผลทางการเกษตรในท้องถิ่นอย่างครบวงจร และมีพันธกิจเพื่อส่งเสริมและพัฒนาอุตสาหกรรมชาและกาแฟ รวมถึงอุตสาหกรรมเกษตรในท้องถิ่นให้มีศักยภาพในการแข่งขันด้วยเทคโนโลยีและนวัตกรรม